2023年9月1日，云南省民政厅下发《云南省民政厅关于同意云南中医药大学教育基金会成立等登记的批复》（云民发〔2023〕109号）文件，正式批准云南中医药大学教育基金会成立登记，认定为慈善组织。
云南中医药大学教育基金会是学校发起，按照国家法律规定，经上级部门云南省教育厅、云南省民政厅批准成立，本基金会从事公益性、非营利性慈善活动，且主要活动范围在云南省。本基金会坚持中国共产党的全面领导，宗旨是：遵守宪法、法律、法规和国家政策，践行社会主义核心价值观、遵守社会道德风尚。动员和引导校友、企业和社会组织和个人等的支持和捐助，支持人才培养、科技创新和学校建设，提高云南中医药大学教育质量和学术水平，支持创建特色鲜明高水平中医药大学，推动云南中医药高等教育事业发展。
